利用Gaussian或ORCA程序把分子结构拉直的几种方法

利用Gaussian或ORCA程序把分子结构拉直的几种方法 文/Sobereva@北京科音  First release: 2021-May-4   Last update: 2021-Jun-15 1 前言 有人问怎么把一个分子从已有的较为卷曲的构象转化成比较平直的构象。这有一些实际意义,比如通过genmixmem程序构造磷脂双层膜、用packmol程序构造表面活性剂的囊泡,都需要用户提供分子...

比SMD算溶解自由能更好的溶剂模型uESE的使用

比SMD算溶解自由能更好的溶剂模型uESE的使用 文/Sobereva@北京科音 2021-Apr-30 1 uESE溶剂模型简介 SMD是如今非常常用的溶剂模型,在《谈谈隐式溶剂模型下溶解自由能和体系自由能的计算》(http://163gold.cn/327)里笔者专门介绍过。在Gaussian程序中,SMD的极性部分等同于IEFPCM,而由于其非极性部分考虑较周到,因此溶解自由能计算精度较好。但是SMD算离子体系的溶解自由能误差远...

使用了Multiwfn发表的第6001~7000篇文章打包下载

截止到2021年4月13日,使用了Multiwfn波函数分析程序(http://163gold.cn/multiwfn)发表的文章已超过7000篇,用户已遍及世界超过70个国家。下面是第6001~7000篇使用了Multiwfn程序发表的文章的全文pdf合集(其中漏了约十篇文章对应的文件,不好找了。还有个别的没下载权限,用本文本文档代替了)。 百度网盘下载地址(速度慢):链接:https://pan.baidu.com/s/1zzqw4rnMjF68Rm4tO0t...

使用Multiwfn做aNCI分析图形化考察动态过程中的蛋白-配体间的相互作用

使用Multiwfn做aNCI分析图形化考察动态过程中的蛋白-配体间的相互作用 文/Sobereva@北京科音  2021-Mar-4 1 前言 《使用Multiwfn图形化研究弱相互作用》(http://163gold.cn/68)介绍的NCI方法是如今用得非常普遍、广为流行的图形化研究弱相互作用的方法,后来我又在《使用Multiwfn研究分子动力学中的弱相互作用》(http://163gold.cn/186)中介绍了...

计算分子动力学轨迹中两个环平面间的距离和夹角

计算分子动力学轨迹中两个环平面间的距离和夹角 文/Sobereva@北京科音  2021-Mar-3 1 前言 在《全面探究18碳环独特的分子间相互作用与pi-pi堆积特征》(http://163gold.cn/572)曾介绍了笔者做的关于18碳环弱相互作用的研究,其中跑了18碳环二聚体的从头算动力学。当时为了统计模拟过程中两个碳环的间距和相对角度随模拟时间的变化,笔者在Multiwfn里写过一个子程序来实现。今天有人在思想...

我对一篇存在大量严重错误的J.Mol.Model.期刊上的18碳环研究文章的comment

我对一篇存在大量错误的J.Mol.Model.期刊上的18碳环研究文章的comment 文/Sobereva@北京科音  2021-Mar-1 1 前言 18碳环(cyclo[18]carbon)具有十分特殊的几何和电子结构,是近期最热门的分子。目前已经有好几十篇关于18碳环的理论研究工作,从不同角度对这个体系及其类似物的特点和性质进行分析探讨,笔者也已经发表了很多相关研究工作,文章汇总以及我写过的大量相关博文和评述见此页面:h...

使用Multiwfn绘制分子和固体表面的距离投影图

使用Multiwfn绘制分子和固体表面的距离投影图 文/Sobereva@北京科音  2021-Feb-28 1 前言 不止一次在思想家公社QQ群和计算化学公社论坛上有人问我下面的这种图是怎么绘制的 实际上上面这种图就是定义一个平面,把体系的范德华表面上各个位置距离此平面的垂直距离的大小通过不同颜色展现而已。可能有人觉得直接看范德华表面图不就完了,何必作这种图,实际上这种图是有一定独特价值的,可以把不...

使用Multiwfn结合CP2K通过NCI和IGM方法图形化考察固体和表面的弱相互作用

使用Multiwfn结合CP2K通过NCI和IGM方法图形化考察固体和表面的弱相互作用 文/Sobereva@北京科音 First release: 2021-Feb-27  Last update: 2021-Jun-1 1 前言 2010年提出的Noncovalent interaction (NCI)分析,也即Reduced density gradient (RDG)分析,是如今使用极为普遍的图形化考察化学...

使用Multiwfn非常便利地创建CP2K程序的输入文件

使用Multiwfn非常便利地创建CP2K程序的输入文件 文/Sobereva@北京科音 First release: 2021-Feb-22  Last update: 2021-Jun-18 1 前言 CP2K(https://www.cp2k.org)是速度非常快,功能又比较全面的第一性原理程序,受到越来越多的重视,有很多无可替代的重要价值。CP2K的一个问题是输入文件写起来极其繁琐,一个简单的任务的输入文件...

CP2K第一性原理程序在CentOS中的简易安装方法

CP2K第一性原理程序在CentOS中的简易安装方法 文/Sobereva@北京科音 First release: 2021-Feb-16  Last update: 2021-Mar-11 1 前言 CP2K(https://www.cp2k.org)是非常好的第一性原理程序,开源免费,跑中、大周期性体系比起主流的基于平面波的程序如Quantum ESPRESSO、VASP等速度快得多,而且笔者写的Multiwf...

计算适用于OPLS-AA力场做模拟的1.2*CM5原子电荷的懒人脚本

计算适用于OPLS-AA力场做模拟的1.2*CM5原子电荷的懒人脚本 文/Sobereva@北京科音  2021-Jan-28 根据J. Phys. Chem. B., 121, 3864 (2017)中的测试,基于OPLS-AA力场的模拟很适合结合1.2*CM5原子电荷。虽然用1.2*CM5的时候水合自由能的计算精度稍逊于文中测试的另一种原子电荷1.14*CM1A-LBCC(因为这种原子电荷本来就是针对水合自由能训练的校正参数),但在计算...

使用Multiwfn计算过渡金属的d-band center(d带中心)

使用Multiwfn计算过渡金属的d-band center(d带中心) 文/Sobereva@北京科音   2021-Jan-14 1 前言 Multiwfn具有灵活强大的绘制态密度(DOS)曲线的功能,见《使用Multiwfn绘制态密度(DOS)图考察电子结构》(http://163gold.cn/482),没看过此文的话务必先仔细看一下,否则无法理解后文的叙述和例子。d-band center与PDOS有密切...

使用Gaussian做镧系金属配合物的量子化学计算

使用Gaussian做镧系金属配合物的量子化学计算 文/Sobereva@北京科音  2021-Jan-13 0 前言 过渡金属配合物体系的量子化学计算比主族体系的计算通常更复杂,因为在判断自旋多重度方面需要更多考虑,SCF收敛整体更难(d轨道近简并所致),而且还有更高几率收敛到不稳定波函数。而镧系锕系配合物的计算甚至更困难,由于f轨道近简并导致SCF比过渡金属配合物还更难收敛(除非镧系锕系原子用大核赝势,此时不需要描述f电子)...

2020年下半年观看的非TV版动画简评

2020年下半年观看的非TV版动画简评 文/Sobereva  2021-Jan-1 这里对我从2020年7月1日开始截止到2020年12月31日观看的非TV版动画进行简单评论。由于这类动画不好对比和打分,我也就不给出评分了。以往的此系列文章和TV版动画评论见http://163gold.cn右方的“动画评论”分类。 碧蓝幻想 第二季 EX2 长度:23m45s 这个EX2属于恶搞内容,分为两部分。第一部分是葛兰一行人去某...

基于背景电荷计算分子在晶体环境中的吸收光谱

基于背景电荷计算分子在晶体环境中的吸收光谱 文/Sobereva@北京科音  2020-Dec-23 1 前言 用Gaussian、ORCA等主流量子化学程序计算分子在真空中、在溶剂环境中的激发态和吸收光谱是非常简单的事,参考比如《Gaussian中用TDDFT计算激发态和吸收、荧光、磷光光谱的方法》(http://163gold.cn/314)、《Simulating UV-Vis and ECD spectra usin...